El actual museo municipal de Melilla se remonta a principios del siglo XX, cuando D. Rafael Fernández de Castro comenzó a recopilar las piezas y el material resultante de las excavaciones del Cerro de San Lorenzo. Ubicado en el edificio de la Junta de Arbitrios, este compendio de piezas no fue considerado oficialmente como museo, ya que no hubo catalogación ni exposición al público de los restos hallados en las excavaciones.

No fue hasta años después cuando el Museo Municipal aparece como tal en el subsuelo del templete de música instalado en el Parque Hernández. Es la primera vez que los ciudadanos melillenses pueden tener contacto con la historia de su ciudad. La precariedad del edificio y la inadecuada presentación de los fondos que en él se mostraban hacen pensar a las autoridades de la época en la necesidad de buscar una nueva ubicación.

A mediados del siglo XX, el Baluarte de la Concepción acogerá un museo histórico con dos secciones fundamentales: Arqueología y Documentación, complementadas con fondos militares y emblemas heráldicos. En este baluarte, situado en el Primer Recinto Histórico de Melilla “La Vieja”, permanecerá el Museo hasta 1987, trasladándose a la Torre de la Vela, donde diez años después se llevara a cabo una reforma en profundidad para adaptarlo a los criterios impuestos por la llamada “nueva museología”.

Los Almacenes de las Peñuelas son el actual emplazamiento del Museo de Arqueología e Historia de Melilla. Este edificio situado en la Plaza de los Aljibes se encuentra inmerso en el Primer Recinto Histórico de la ciudad y comenzó a ser utilizado como museo en 2007. Desde entonces posee la configuración que tiene en la actualidad, con dos plantas en las que alberga un museo etnográfico y otro histórico-arqueológico.

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Los Museos de Historia, Arqueología y Etnografía de la Ciudad de Melilla se organiza en dos espacios. La planta baja alberga las colecciones correspondientes a las culturas sefardí y amazigh. En la planta alta se realiza un recorrido por la historia de la ciudad desde la prehistoria hasta la edad contemporánea.