La base del museo la constituye la donación que realizó D. José Fernández López al Exmo. Ayto. de Mérida de la colección de minerales rocas y fósiles efectuada por Don Vicente Sos Baynat, eminente geólogo que trabajó a las órdenes de D. José llevándoles las explotaciones mineras.

El que escribe, Ramón González Cerrato de acuerdo con D. Vicente organizó la exposición como está en la actualidad dándole una orientación didáctica.
A lo largo de estos últimos años se ha ido ampliando la colección, gracias a toda una serie de donaciones.

Unas 10.000 piezas entre minerales, rocas y fósiles representativas de la geología en Extremadura. Las piezas están clasificadas según diferentes criterios en estanterías acristaladas.: Cristalografía, clases mineralógicas, rocas, fósiles, propiedades de los minerales, asociaciones de minerales, texturas, etc.
Está formada por dos salas y en una de ellas se sitúa el almacén y la biblioteca sobre temas geológicos.