La historia del Monasterio se inicia en 1187, cuando el rey Alfonso VIII y su esposa Leonor, deseosos de convertir este lugar en Panteón de Reyes y digno retiro de gran número de mujeres pertenecientes a la más alta aristocracia y la realeza, consiguieron, gracias al apoyo del Papa Clemente III y del Abad de Citeaux, Guido, llevar adelante una nueva fundación en Burgos, dando lugar al nacimiento del Monasterio de Santa María la Real de las Huelgas. La iniciativa fue muy bien acogida, convirtiéndose pronto en una realidad.

Sin embargo, la idea de Alfonso VIII de hacer de este Monasterio, Cabeza y Matriz de todos los conventos femeninos cistercienses de Castilla y León, iba a traerle serios problemas y gran oposición por parte de los monasterios que ahora Huelgas pretendía poner bajo su control, dado que habían sido fundados con anterioridad. Perales, Gradefes y Cañas fueron los que se mostraron más reticentes con esta nueva fundación, así como aceptar como cabeza rectora a este monasterio recién fundado, teniendo en cuenta que todos debían prestar obediencia, como filiales que eran, al Monasterio de Tulebras, en Navarra, primer monasterio de monjas cistercienses españolas fundado en 1157.

El conflicto será largo y complicado, pero al final el rey conseguirá su propósito y en 1199, además de solucionar el problema, este Monasterio se incorporará a la Orden del Císter, poniéndose bajo la jurisdicción de la abadía de Cîteaux. A partir de estos momentos, las Huelgas constituirá una Congregación compuesta por los monasterios de Torquemada, Gradefes, Carrizo, Perales, San Andrés de Arroyo, Cañas y Fuencaliente, a los que se unieron, con el tiempo, los de Vileña, Villamayor de los Montes, Renuncio, Barría y Avia, siendo un total de doce abadías las afiliadas a este monasterio. Gozó, desde sus inicios, de la protección de Papas y Reyes, y en él, además de coronarse Alfonso XI y su hijo Enrique de Trastámara, se armaron caballeros Fernando III, Alfonso XI, Pedro I y Juan II.